学科建设办公室是学校一流学科建设规划的实施、督促检查和日常管理的归口管理部门，主要职能如下：

(一) 负责推进同济大学世界一流大学和一流学科建设领导小组有关一流学科建设决策的执行。

(二) 负责《同济大学一流大学建设高校建设方案》中有关学科建设总体规划的实施和推进。

(三) 负责国家级、省部级学科建设项目申报和建设的相关工作。（含上海市高峰高原学科建设工作）

(四) 负责组织、指导各学科起草和修订中长期发展规划工作。负责各学科建设的日常指导、监督、检查工作。

(五) 负责学校学科建设经费的审批、立项和经费使用情况的综合绩效评估工作。

(六) 开展学科建设的专项研究和发展战略研究，组织审议学科设置、调整、交叉、整合方案，为学校设立与撤并学科及其支撑机构提供决策咨询。

(七) 负责研究、制定学校学科建设有关制度和管理办法，并监督落实。

(八) 负责各类学科综合评估工作的组织、协调与管理。

(九) 学校安排的其他工作。